По одной из версий, прозван Япончиком за характерный разрез глаз; по другой, его прозвище связано с тем, что он рассказал одесским ворам историю о жизни японских воров в городе Нагасаки, которую услышал от португальского моряка. Японские «коллеги», по его словам, договорились о единых правилах «бизнеса» и никогда их не нарушали. Винницкий предложил одесситам брать с них пример.

Родился в семье фургонщика Меера-Вольфа Мордковича Винницкого. Потомок знаменитой еврейской династии Коротичей. Когда ребёнку было четыре года, семья переехала в Одессу, на Молдаванку. По другим данным, родился уже в Одессе. При рождении получил двойное имя Мойше-Яков, отчего его иногда неверно именуют «Моисеем Яковлевичем». На шестом году жизни потерял отца. Работал учеником в матрацной мастерской, одновременно посещая еврейскую школу, затем поступил электриком на одесский авиастроительный завод «Анатра» (отделение на улице Канатной, 22).

Во время еврейских погромов в октябре 1905 года участвовал в еврейской самообороне. После этого присоединился к отряду анархистов-коммунистов «Молодая воля». После убийства полицмейстера Михайловского участка подполковника В. Кожухаря осуждён на смертную казнь, которую заменили 12 годами каторги (1907). В тюрьме познакомился с Г. И. Котовским.

Согласно данным исследователя Савченко В. А., в следственных материалах по делу Япончика числились произведённые в 1907 году совместно с анархистами из «Молодой воли» налёты на мучную лавку Ланцберга и на богатую квартиру Ландера.

У „Япончика" недурные организаторские способности. Это и сделало его королём уголовного мира в одесском масштабе. Смелый, предприимчивый, он сумел прибрать к рукам всю одесскую блатную шпану. В американских условиях он, несомненно, сделал бы большую карьеру и мог бы крепко наступить на мозоль даже Аль Капоне...

У него смелая армия хорошо вооружённых уркаганов. Мокрые дела он не признаёт. При виде крови бледнеет. Был случай, когда один из его подданных укусил его за палец. Мишка орал как зарезанный.

В 1917 году вышел на свободу по амнистии, организовал большую банду налётчиков и стал «грозой» Одессы. Уже осенью 1917 года банда Япончика совершила ряд дерзких налётов, в том числе ограбив средь бела дня Румынский игорный клуб. В новогодние дни 1918 года были ограблены магазин Гольдштейна и сахарозаводчик Ю. Г. Гепнер.

Япончик налаживает контакты с одесским анархистским движением. В ноябре-декабре 1917 года в Одессе появилась группа так называемых «анархистов-обдиралистов», по данным исследователя Савченко В. А., «обдиралисты» устроили в 1917 году мощный взрыв на Дерибасовской, требуя прекратить самосуды над пойманными бандитами. В декабре 1917 года анархисты и бандиты захватили публичный дом Айзенберга на улице Дворянской, устроив там свой штаб.

В январе 1918 года дружина Мишки Япончика совместно с большевиками, анархистами и левыми эсерами участвовала в уличных боях. Бандиты воспользовались этими событиями для налёта на Регистрационное бюро полиции, в ходе которого была сожжена картотека на 16 тыс. одесских уголовников.

12 декабря 1918 года, во время эвакуации из Одессы австро-германских войск, организовал успешное нападение на Одесскую тюрьму, результатом которого был массовый побег заключённых.

В начале 1919 года активно сотрудничал с большевистским подпольем (в том числе через Григория Котовского). По словам дружившего с ним Леонида Утёсова, старался избегать убийств и покровительствовал артистам.

В период франко-греческой интервенции банда Япончика совершила множество новых дерзких ограблений, занималась также похищениями и рэкетом. Ряд предпринимателей, не желавших платить бандитам, были убиты: Масман, Литейман, Энгель. В январе-феврале 1919 года был совершён дерзкий налёт на Гражданское общественное собрание Одессы во время торжественного обеда, также была ограблена квартира княгини Любомирской и номер испанского консула в гостинице «Лондонская».

После того, как в апреле Одесса перешла в руки красных, по некоторым утверждениям, командовал советским бронепоездом № 870932, направленным против атамана Григорьева. В мае 1919 года в Одессе распространились слухи, что Мишка Япончик якобы служит секретарём Одесской ЧК. 28 мая председатель ЧК был вынужден опубликовать опровержение в официальной газете «Известия Одесского совета рабочих депутатов», в котором сообщил, что в действительности секретарём ЧК является Михаил Гринберг, который никакого отношения к Мишке Япончику не имеет.

В мае 1919 года получил разрешение сформировать отряд в составе 3-й Украинской советской армии, позднее преобразованный в 54-й имени Ленина советский революционный полк. Адъютантом у него был Мейер Зайдер по кличке «Майорчик», который впоследствии, согласно официальной версии, застрелил Котовского. Полк Япончика был собран из одесских уголовников, боевиков-анархистов и мобилизованных студентов Новороссийского университета. Красноармейцы Япончика не имели единой формы, многие ходили в шляпах канотье и цилиндрах, но каждый считал делом чести носить тельняшку.

Попытки наладить в сформированной части «политработу» провалились, так как многие коммунисты отказались вступать в полк для ведения в нём пропагандистской работы, заявив, что это опасно для жизни. Официальным комиссаром полка был назначен анархист Александр Фельдман «Саша». По данным исследователя Виктора Ковальчука, прибывшего в полк комиссара Фельдмана «бойцы» Япончика встретили громовым хохотом.

Полк был подчинён бригаде Котовского в составе 45-й стрелковой дивизии Ионы Якира и в июле направлен против войск Симона Петлюры. Перед отправкой в Одессе был устроен пышный банкет, на котором командиру полка Мишке Япончику были торжественно вручены серебряная сабля и красное знамя. Начать отправку удалось только на четвёртый день после банкета, причём в обоз полка были погружены бочонки с пивом, вино, хрусталь и икра.

Дезертирство «бойцов»-уголовников началось ещё до отправки. По данным исследователя Савченко В. А., в итоге на фронте оказалось лишь 704 человека из 2202. Уже тогда комдив Якир предложил разоружить полк Япончика как ненадёжный. Тем не менее, командование 45-й дивизии признало полк «боеспособным», хотя бандиты всячески сопротивлялись попыткам наладить военное обучение.

Первая атака полка в районе Бирзулы против петлюровцев была успешной, в результате чего удалось захватить Вапнярку и взять пленных и трофеи, но последовавшая на следующий день контратака петлюровцев привела к полному разгрому. Уголовники Япончики побросали оружие и сбежали с поля боя. Затем они решили, что уже "навоевались" и захватили проезжавший мимо пассажирский поезд, чтобы вернуться в Одессу. Однако поезд до Одессы не доехал, очень скоро будучи остановленный спецотрядом большевиков. Япончик попытался оказать сопротивление - и был застрелен коммунистами прямо на перроне. Оставшиеся «бойцы» 54-го полка были частично перебиты кавалерией Котовского, частично выловлены частями особого назначения; уцелел только бывший «начальник штаба» полка, бандит Мейер Зайдер, который через 7 лет застрелит самого Котовского. Кроме того, до 50 человек были направлены на принудительные работы.

Уцелевшие люди Япончика обвинили в его смерти комиссара полка Фельдмана и убили его в октябре 1919 года. По данным исследователя Савченко, Фельдман прибыл на могилу Япончика лишь через четыре часа после похорон и потребовал раскопать её, чтобы удостовериться, что там действительно похоронен Япончик. Через два дня на место прибыл наркомвоенмор Украины Н. Подвойский, потребовавший снова вскрыть могилу.

В то же время, согласно архивным данным, в действительности Мишку Япончика расстрелял уездный военный комиссар Никифор Иванович Урсулов, награждённый за это орденом Красного Знамени. В своём рапорте на имя одесского окружного комиссара по военным делам Урсулов ошибочно назвал Мишку Япончика «Митькой Японцем».