Служил на Балтике и Тихом океане; в 1898 году в чине лейтенанта ушел в запас. Плавал на океанских торговых судах.

В начале 1904 года был мобилизован, с января 1905 года - командир миноносца на Черноморском флоте.

В начале революции 1905-1907 годов организовал в Севастополе «Союз офицеров - друзей народа», затем участвовал в создании «Одесского общества взаимопомощи моряков торгового флота» - одной из первых на морском транспорте профсоюзных организаций.

2 ноября 1905 был арестован за выступления на митингах матросов, рабочих и солдат, участие в политической демонстрации.

Ведя пропаганду среди матросов и офицеров, Шмидт называл себя внепартийным социалистом, осуждал социал-демократов за их недостаточно внимательное отношение к требованиям крестьянства, а социалистов-революционеров - за террор, к которому он относился безусловно отрицательно; стоял за учредительное собрание, избранное всеобщей подачей голосов; отстаивал конституционную монархию.

Рабочие избрали Шмидта пожизненным депутатом Севастопольского совета рабочих депутатов и 16 ноября 1905 года добились его освобождения.

20 ноября Шмидт получил отставку и чин капитана 2-го ранга.

С началом Севастопольского восстания военная организация социал-демократов предложила Петру Шмидту стать военным руководителем восстания.

27 ноября Шмидт прибыл на крейсер «Очаков». На корабле был поднят красный флаг и вымпел командующего флотом. К взбунтовавшемуся крейсеру пристали броненосец «Пантелеймон» и несколько других судов. Шмидт обратился к императору с требованием учредительного собрания и заявлением, что флот перестал повиноваться министрам. Главнокомандующий Черноморским флотом Чухнин подверг революционные суда обстрелу шрапнелью. На «Очакове» канонадой был произведен пожар; уцелевшая часть экипажа стала спасаться на шлюпках. Шмидт был схвачен и предан военно-морскому суду. На суде Шмидт старался смягчить наказание другим, брал всю вину на себя, выражал полную готовность подвергнуться казни. Ни один свидетель защиты на суд допущен не был.

Шмидт и три матроса были приговорены к смерти и 19 марта 1906 года расстреляны на острове Березани (близ города Очакова).