Почетный член Украинской академии архитектуры. Дважды лауреат Государственной премии Украины в области архитектуры (2002, 2007). Заслуженный деятель науки и техники Украины (2007).

Преподавал в ВУЗ-ах Одессы и Киева. Впоследствии работал в научно-исследовательских институтах Национальной академии наук Украины, Национальной академии изобразительного искусства и архитектуры.

C 1983 по 1992 год был ответственным секретарем Главной редколлегии энциклопедического издания «Свода памятников истории и культуры Украины».

В 1994—2002 гг. — научный редактор ежегодника «Архітектурна спадщина України» (вып. 1— 5).

В 1998 году — почетный доктор Научно-исследовательского института теории и истории архитектуры и градостроительства.

С 1998 по 2000 год — вице-президент Украинской академии архитектуры.

В 2004 году — член экспертной комиссии по занесению объектов культурного наследия в Государственный реестр непреходящей памяти Украины.

Владимир Тимофеенко — автор и редактор свыше тридцати фундаментальных научных изданий, среди которых:

«Методические рекомендации для подготовки Свода памятников истории и культуры по Украинской ССР» (К., 1981);

«Одесса: Архитектурно-исторический очерк» (К., 1983; 1984);

Альбоми: «Одеса: Архітектура. Пам'ятники» (К., 1984;);

«Города Северного Причерноморья во второй половине XVIII века» (К., 1984);

«Формирование градостроительной культуры Юга Украины» (К., 1986);

«Українська садибна архітектура другої половини XVIII — першої третини XIX ст.» (К., 1993, співавт. В.Ю. Єрошев);

«Брами, огорожі й ворота у забудові південних міст» (К., 1994);

«Енциклопедія архітектурної спадщини України: Тематичний словник» (К., 1995);

«Зодчі України кінця XVIII — початку XX століть. Біографічний довідник» (Київ, 1999);

«Нариси всесвітньої історії архітектури» (Т. 1, кн. 1, К., 2000);

«Исторический центр города Одессы: Обзор истории развития» (Одесса, 2001);

«Давня Америка: Розвиток архітектури і монументального мистецтва» (К., 2002);

«Архітектура і монументальне мистецтво: Терміни та поняття» (К., 2002);

«Історія української архітектури» (К., 2003) Видавництво «Техніка»;

«Історія архітектури Стародавнього світу: Підруч. для ВНЗ. НАН України» (К., 2006; 2007);

«Відродження Одеси: Архітектура повоєнного десятиріччя» (К., 2006);

Сборники «Сучасні проблеми дослідження, реставрації та збереження культурної спадщини» (К., 2005—2007; вип. 2—3, наук. ред.).

Умер 11 декабря 2007 года в Киеве.