Морська охорона Державної прикордонної служби України здійснює охорону морського кордону, захист суверенних прав України в її виключній (морській) економічній зоні, охорону річкової ділянки та контроль за плаванням та перебуванням у територіальному морі. Загалом загальна протяжність морського кордону сягає 1,355 тисячі кілометрів, з яких майже 1,06 тисяч кілометрів по Чорному морю, 250 кілометрів – по Азовському та 49 кілометрів – по Керченській протоці. Крім того площа виключної (морської) економічної зони сягає 72 тисячі квадратних кілометрів.

Свої основні повноваження Морська охорона виконує у складі трьох загонів, а також трьох дивізіонів.

Загалом в прикордонному відомстві питанням розвитку Морської охорони приділяється особлива увага. Для охорони безпосередньо економзони було створено спеціальне угрупування з кораблів, авіації та берегових постів технічного спостереження. Тільки цього року угрупуванням перевірено понад 200 суден, затримано дві турецькі шхуни, на власників яких накладено штрафів на суму понад 300 тисяч гривень, відшкодовано завданих державі збитків на суму понад 200 тисяч гривень, припинено протиправну діяльність й видворено ще 5 іноземних браконьєрських шхун. Одночасно з виконанням основних завдань протягом 2011-2012 років кораблями та катерами Морської охорони проведено 25 рятувальних операцій, під час яких врятовано 19 плавзасобів та 37 осіб.

Необхідно звернути увагу, що Концепцією розвитку Морської охорони передбачається визначення оптимальної кількості кораблів та катерів, алгоритм їх використання в різних умовах обстановки, модернізація наявного парку морської техніки, закупівля сучасних швидкісних катерів та отримання їх за програмами міжнародної технічної допомоги, а також будівництво кораблів та катерів на вітчизняних підприємствах. Відповідно до концептуальних підходів Морську охорону планується розбудувати по типу Берегових охорон провідних європейських країн з широкими правоохоронними функціями. Загальне зменшення чисельності корабельно-катерного складу буде компенсовано за рахунок підвищення його функціональності, економічності та технічної оснащеності. Основним же способом несення служби буде комплекс дій, направлених на отримання інформації від усіх можливих джерел стосовно руху суден морськими шляхами сполучення, використання даних повітряної розвідки з одночасним патрулюванням груп кораблів та катерів у визначених районах. Модернізація наявних сил передбачає заміну навігаційного та радіолокаційного обладнання, встановлення сучасних систем зв’язку та автоматизації, встановлення спеціальних засобів примусової зупинки порушників, таких як водяні гармати, різноманітні викидні пристрої, швидкісні човни для екстреної висадки та проведення огляду суден. Зокрема на сьогоднішній день вже 70% кораблів та катерів Морської охорони Держприкордонслужби переобладнано новими радіолокаційними станціями, на 7 кораблях встановлені системи космічного зв’язку.

Відомча Програма кораблебудування передбачає будівництво багатоцільового корабля «Кордон» водотоннажністю майже тисяча тонн з вертольотом на борту, шести сучасних кораблів типу «Корал» для охорони економзони, з яких перший корабель планується прийняти наприкінці наступного року, восьми нових катерів типу «Орлан» для охорони територіального моря, будівництво першого має завершитися найближчим часом. Крім того планується побудувати 25 малих прикордонних катерів типу «УМС-1000» для несення служби у внутрішніх водах та прикриття акваторій портів. З них вже два катери надійшли минулого року, а ще чотири очікуються незабаром. Для охорони річкових ділянок до складу підрозділів кордону планується придбати 106 малих катерів.

Загалом у першому півріччі цього року кораблями та катерами Морської охорони Державної прикордонної служби України було забезпечене постійне несення служби в зонах відповідальності, оглянуто майже 510 суден, затримано та складено адміністративні протоколи на власників 105 суден, вилучено близько 80 кілометрів браконьєрських сіток та майже 10 тонн риби.